Nagsimula ang pananakop noong taon 1942 hanggang 1945, sa panahon ng ikalawang digmaang pandaigdig sa Pilipinas. Pinasok ng mga Hapon ang Maynila sa Enero 2 1942. Pagkatapos, nawasak ang Bataan noong Abril 9, 1942. Kahit naghirap ang mga Pilipino, dumating ang panahon na nagsimula ang digmaan para sa kalayaan at hustisya sa ating bansa. Ang puwersa ni Douglas McArthur ay lumaban sa mga Hapon, sa bayan ng Tangway, Leyte. Pagkatapos ng pagkamatay ni Manuel Quezon, si Sergio Osmena ay naging bagong pangulo ng Pilipinas. Nabomba ng mga sundalo sa Estados Unidos ang Maynila noong 1945. Dahil dito, sumuko ang mga katoto ni Heneral Homma sa Lalawigang Bulubundukin.
Ang panahon ng Hapon noon ay ang tinaguriang "Gintong Panahon" ng Panitikang Filipino dahil naging mas malaya ang mga Pilipino (kumpara noong panahon ng Amerikano) sa pagsanib ng kultura, kaugalian, at pagsulat. Sa panahon din nito, maraming babae ay naging manunulat. Isa sa mga ito ay si Liwayway A. Arceo na nagsulat ng mga maikling kwento. Kahit naging marahas ang ibang mga sundalong Hapon, ang wika ng Pilipinas ay naging matatag dahil ipinagbawal ang pagsasalita sa Ingles at mga iba’t-ibang librong Amerikano